В отношении доходов ИП организация может являться налоговым агентом

Вопрос о порядке уплаты НДФЛ решается не только в зависимости от наличия у физлица статуса индивидуального предпринимателя, но и от вида выплачиваемого дохода и, соответственно, налогового статуса организации - источника его выплаты. Об этом Минфин России проинформировал в письме от 03.10.2008 № 03-04-06-01/288.
Так, если организация выплачивает индивидуальному предпринимателю доходы, получение которых не связано с его предпринимательской деятельностью (и/или в отношении которых она является налоговым агентом), то она должна перечислить НДФЛ в бюджет. Напомним, что исчисление сумм НДФЛ и уплата налога производятся налоговым агентом в отношении всех доходов налогоплательщика, источником которых является налоговый агент. Исключения прописаны в статьях 214.1, 227 и 228 НК РФ.