Решение об отказе в возмещении НДС подчиняется ст. 101 НК, в отношении решения действует общий порядок вынесения

Как правило, по результатам проверок принимают решения о привлечении к ответственности либо решения об отказе в привлечении к ответственности. Решения о возмещении НДС стоят несколько особняком. Почему-то принято считать, что на такие решения якобы не распространяются общие правила, предусмотренные ст. 101 НК. На этом и сыграли налоговики. Проведя камеральную проверку по НДС, проверяющие решили назначить доп. мероприятия. После проведения которых, Инспекций было принято решение о частичном отказе в возмещении НДС и об отказе в привлечении к ответственности. Материалы проверки рассматривались без участия налогоплательщика. Этот факт и позволил отменить решения в суде, хоть и не сразу.
ВАС подтвердил, что решение об отказе в возмещении НДС можно оспорить из-за его несоответствия нормам ст. 101 НК. Право налогоплательщика на участие в рассмотрении материалов проверки распространяется не только на ситуации, связанные с привлечением лица к налоговой ответственности, но и на случаи возникновения у налогового органа вопросов о правильности исчисления и уплаты налога, не связанных с привлечением лица к налоговой ответственности. Постановление ВАС РФ от 20 апреля 2010 г. N 162/10 Российский налоговый портал